Synopsis - Au XXIIIe siècle. Le fameux vaisseau spatial Enterprise effectue un voyage de routine intergalactique. De jeunes recrues y servent sous l'autorité de l'exigeant capitaine Spock. L'amiral Kirk, l'un des chefs militaires de la Fédération des planètes unies, est à bord, en mission d'inspection. Soudain, un appel au secours provenant du laboratoire spatial Regula One vient interrompre la tournée de l'amiral Kirk, qui s'apprête à fêter son anniversaire. Kirk reconnaît immédiatement le nom de la base sur laquelle travaille son ancienne fiancée, le docteur Carol Marcus. Khan, son ennemi de toujours, a refait surface...