Variant Omicron : nombre de cas, symptômes, danger... Ce qu'il faut savoir

Variant Omicron : nombre de cas, symptômes, danger... Ce qu'il faut savoir OMICRON. Le variant Omicron a déferlé sur la France en fin d'année 2021 pour finalement représenter la quasi-totalité des cas en janvier et février 2022. Moins sévère il aura maintenu le niveau des décès hospitaliers à un niveau élevé...

Le variant Omicron, découvert en Afrique du Sud et classé comme "variant préoccupant" par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) dès novembre 2021, a finalement déferlé sur la France au point de représenter plus de 99% des cas de coronavirus en février 2022. Si sa moindre sévérité en comparaison du variant Delta a été confirmée, sa forte propagation dans la population aura maintenu à très haut niveau pendant plusieurs semaines le nombre d'hospitalisations conventionnelles et d'admissions en soins critiques, mais aussi le nombre de décès, notamment chez les personnes non-vaccinées et immunodéprimées. 

Le pic de la vague Omicron a été passé en France à la mi-février, mais il continue de largement dominer dans les contaminations constatées quotidiennement. Combien y a-t-il de cas de ce variant dans le pays aujourd'hui ? Quelle part représente Omicron dans l'épidémie de coronavirus ? Où en est la communauté scientifique sur la connaissance du variant, de ses symptômes, de sa sévérité, de sa capacité de réinfecter d'ancien malades du Covid ou d'échapper aux vaccins ? Voici tout ce qu'il faut savoir sur ce variant qui a totalement changé la donne.

CARTE : quels départements sont les plus touchés par le variant Omicron en France ?

Le nombre de cas et la part du variant Omicron sont suivis quotidiennement par Santé publique France et les données mises en ligne sur Data.gouv chaque soir. Pour obtenir ces chiffres, une nouvelle stratégie de criblage a été mise en place mi-décembre et a été expliquée dans une note de la Direction générale de la Santé et sur le site de l'agence de santé. Elle vise à identifier "une combinaison de mutations spécifiques à Omicron (comme la délétion 69/70 et les substitutions K417N, S371L-S373P et Q493R)".

Santé publique France publie par ailleurs depuis début janvier sur son site Géodes des cartes sur la proportion de tests positifs en France affichant une forte suspicion de contamination au variant Omicron. D'abord présentées selon un découpage régional, les données sont désormais disponibles par département :

Les chiffres concernant le variant Omicron en France ont longtemps été lourdement sous-estimés et relativement peu fiables, le système de dépistage ayant mis du temps à s'adapter comme l'expliquait Le Parisien dès la mi-décembre. Outre les cas asymptomatiques, passant sous tous les écrans radar, de nombreuses personnes ayant effectué un test antigénique positif et qui doivent ensuite réaliser un test PCR de confirmation, "oublient" cette seconde étape, empêchant de fait l'analyse plus fine de l'infection. Le criblage, autrement dit l'analyse en laboratoire des tests PCR positifs pour en identifier la mutation, n'était en outre pas adapté avant le changement de protocole du 17 décembre et ne permettait pas d'identifier formellement le variant Omicron (lire encadré plus haut).

Le variant Omicron favorise-t-il la réinfection au Covid ?

Les premières études "en vie réelle" du variant Omicron ont été dévoilées mi-décembre, comme celle publiée en pré-print par le Discovery Health (organisme privé d'assurances sud-africain), avec la contribution du South African Medical Research Council (SAMRC) ou encore celle de l'Imperial College de Londres. Elles confirment que le variant Omicron augmente le risque d'infection chez les personnes qui ont déjà eu le Covid, elles suggèrent en outre que les "percées infectieuses sont également plus fréquentes" chez les personnes vaccinées. 

Les données sur les réinfections se sont d'ailleurs affinées début 2022, notamment au Royaume-Uni. Dans un rapport daté du 19 janvier, l'Office for National Statistics (ONS), l'agence britannique des statistiques, estimait le risque de réinfection comme 16 fois plus élevé avec Omicron qu'à l'époque où Delta était dominant.

Ces résultats corroborent d'autres études en laboratoire (comme ici par exemple) démontrant la capacité du variant Omicron à échapper à notre système immunitaire et à réinfecter des individus préalablement infectés par le Covid-19. L'Organisation mondiale de la Santé a également rapporté le 21 janvier dans une communication que la protection contre la réinfection était de seulement 56% avec Omicron, contre 90% avec les variants précédents, se basant notamment sur des données issues du Qatar.

Le variant Omicron est-il résistant aux vaccins contre le Covid ?

Face au variant Omicron, les défenses immunitaires offertes par une double dose de Pfizer perdraient lourdement en efficacité contre les contaminations selon les premières études sud-africaines, passant de 80% contre le variant Delta à 33% contre Omicron. En revanche, la double dose du laboratoire américain resterait efficace à 70% contre les hospitalisations liées à Omicron (contre plus de 90% pour les hospitalisations liées à Delta). Ces conclusions rejoignent celles de nombreuses autres études, publiées depuis, notamment par l'Université d'Oxford, par un groupe de chercheurs sud-africains et australiens, par l'Université de Francfort, par l'Agence de sécurité sanitaire britannique, ou encore plus récemment par le gouvernement britannique à la toute fin du mois de décembre.

Après deux doses, "l'efficacité vaccinale contre Omicron est très réduite ou absente, et diminue encore avec le temps après la deuxième injection", a confirmé Santé publique France dans une analyse de risque sur les variants en date du 5 janvier. Devant ces données, plusieurs voix se sont élevées dès la fin d'année 2021 pour souligner les risques de la stratégie du tout-vaccinal. Le 14 janvier, le Pr Eric Caumes estimait notamment sur Europe 1 que le variant Omicron avait "changé la donne" sur les vaccins et remettait en cause la mise en place d'un pass vaccinal en France : "On voit bien que le vaccin est très efficace pour réduire les hospitalisations, mais n'a pas beaucoup d'efficacité pour empêcher la circulation du virus, c'est pour ça que je pense que le pass vaccinal n'a pas beaucoup de sens", indiquait il.

Dans un discours le jeudi 20 janvier, le Premier ministre Jean Castex a admis que "les caractéristiques du nouveau variant font qu'on peut facilement attraper le virus en étant vacciné". Mais le gouvernement est resté ferme sur sa stratégie : la vaccination permettrait de réduire les entrées en réanimation selon Jean Castex qui annonçait alors "25 fois moins de risque d'être hospitalisé en soins critiques" en étant vacciné.

Le rappel : nouvelle arme contre Omicron

Un rappel pourrait faire remonter l'efficacité des vaccins contre Omicron au-dessus des 70% (de l'ordre de 71% à 75,5%, en moyenne), indiquent les données en vie réelle issues de Grande-Bretagne et d'Afrique du Sud début décembre. Des données depuis confirmées par Ugur Sahin, le PDG de BioNTech, coconcepteur du vaccin Pfizer contre le Covid, dans un entretien au journal Le Monde le 20 décembre, puis par de nouvelles études qui indiquent que l'efficacité du rappel serait même plus importante encore face au variant. Elle grimperait à 86% sur les formes symptomatiques selon une étude remontant à mi-décembre du Kirby Institute, institut de recherche en santé de l'Université de Nouvelle-Galles du Sud, à Sydney, et à 98% sur les formes graves (voir l'étude en pré-print sur le site MedRxiv). Une autre étude plus récente (31 décembre) de l'Agence britannique de sécurité sanitaire évalue à 88% (intervalle de confiance 78-93%) l'efficacité du rappel contre les hospitalisations.

Dans le Monde le 20 décembre, le PDG de BioNTech a par ailleurs annoncé qu'un vaccin spécialement adapté, "utilisant la protéine spike d'Omicron et ses 32 mutations comme antigène" devrait arriver rapidement. "Nous restons en ligne avec notre objectif de cent jours, ce qui signifie que nous devrions être en mesure de livrer nos premiers vaccins adaptés à Omicron en mars, sous réserve de l'approbation des régulateurs", indiquait Ugur Sahin.

Pfizer et BioNTech ont annoncé dans un communiqué le 25 janvier le début de leur essai de vaccin anti-Covid spécifique au variant Omicron. BioNTech a alors reconnu que la protection de son vaccin actuel "diminue plus rapidement" face à Omicron, mais maintenait l'espoir d'une protection efficace et plus longue avec ce nouveau vaccin qui devrait arriver courant 2022.

Le variant Omicron est-il moins dangereux ?

Les études internationales, notamment sud-africaines et britanniques, sur le nouveau variant Omicron vont toutes ou presque en direction d'une moindre sévérité. Une étude publiée le 17 décembre par l'Université de Cambridge en pré-print et basée sur une analyse du virus en laboratoire, suggère notamment une "infectivité plus faible des cellules pulmonaires". La raison : la plus forte capacité d'Omicron à tromper les défense immunitaires serait compensée par une baisse de sa capacité de réplication dans les cellules des poumons et de pathogénicité. Un article scientifique de la revue Nature, publié le 6 janvier, a rassemblé plusieurs études plus récentes mettant en évidence les mécanismes réduisant la sévérité des symptômes en même temps que l'augmentation de la contagiosité du variant Omicron par rapport à Delta.

En substance, le virus se répliquerait moins dans les cellules pulmonaires, mais toucherait plus les voies aériennes supérieures, comme les bronches, ce qui réduirait sa sévérité. D'autres études scientifiques peuvent encore être citées comme une étude de l'université de Hong Kong ou les travaux réalisés par des chercheurs de Liverpool sur des souris qui indiquent également qu'Omicron infecterait davantage les bronches, épargnant en revanche les poumons.

Les données "en vie réelle" parvenues d'Afrique du Sud et publiées en pré-print le 21 décembre par le National Institute for communicable Diseases (NICD) et le Conseil sud-africain de la recherche médicale, semblent confirmer les analyses en laboratoire. Au Royaume-Uni, le variant a d'abord été considéré comme légèrement moins virulent que Delta (entre 15 et 40% d'hospitalisations en moins selon un article de l'Imperial College de Londres). Puis Agence britannique de sécurité sanitaire a déclaré le 23 décembre dans les médias que ses premiers résultats étaient "encourageants", avec un risque d'aller à l'hôpital du fait d'Omicron 50 à 70% inférieur au risque avec Delta. Un document plus précis de la UK Health Security Agency, daté du 31 décembre cette fois, évalue finalement le risque d'être hospitalisé avec Omicron à environ un tiers de celui de Delta avec en outre une hospitalisation plus courte.

Bien d'autres études sont venues accréditer la thèse d'un variant empiriquement moins dangereux. Une étude américaine publiée le 11 janvier en préprint estime par exemple qu'Omicron réduit le risque d'hospitalisation de 53% par rapport à Delta et le risque d'entrée en soins critique de 74%. Les séjours à l'hôpital seraient également 70% plus courts qu'avec Delta. Une très vaste étude, menée par des équipes de l'Imperial College de Londres et de l'université de Cambridge et publiée le 4 février en préprint sur le site de la revue The Lancet a définitivement confirmé la moindre sévérité d'Omicron. Menée sur plus de 1,5 million de patients infectés par le Covid-19 au Royaume-Uni, dont 1 million touché par Omicron, elle est arrivée à la conclusion que le risque d'hospitalisation était 2,4 fois moindre avec Omicron qu'avec Delta. Le risque de décès, tous âges confondus, était quant à lui 3,2 fois moindre. Outre leur âge, leur sexe et leur région, ce travail, sans doute le plus vaste mené sur le variant, prenait par ailleurs en compte le statut vaccinal des patients, leur origine ethnique, l'existence ou non d'une infection antérieure, mais aussi leur niveau socio-économique.

Les études françaises sont venues appuyer l'hypothèse d'une moindre virulence du variant Omicron dans la population depuis le début de l'année 2022. Jeudi 6 janvier, Santé publique France indiquait dans son point épidémiologique hebdomadaire, que les données suggéraient "une moindre sévérité de l'infection par ce variant, en cohérence avec les données internationales". Les ratios hospitalisations/cas positifs et surtout admissions en réanimation/cas positifs semblaient chuter avec le variant.

La moindre dangerosité du variant Omicron a aussi été démontrée par des chiffres de l'AP-HP, organisme assurant la gestion des hôpitaux parisiens. Selon les données sur les hospitalisations par variant, du 1er décembre 2021 au 4 janvier 2022 dans la capitale, les patients infectés par Omicron auraient surtout besoin d'une hospitalisation conventionnelle (54% des admis) plutôt que de soins critiques (19%). La durée de l'hospitalisation serait aussi réduite, avec une prise en charge inférieure à une journée pour 43% des patients infectés par le variant Omicron contre 19% des patients touchés par Delta. Dans son communiqué, l'AP-HP écrit, chiffres et graphique à l'appui, que "la probabilité d'avoir recours aux soins critiques (soit directement, soit après un passage par l'hospitalisation conventionnelle) est trois fois plus élevée chez les patients infectés par le variant Delta que par le variant Omicron".

Le variant Omicron fait aussi l'objet de conclusions détaillées chaque semaine de la Direction de la Recherche, des Études, de l'Évaluation et des Statistiques (Drees) en France. Dans un de ces rapports en date du 28 janvier, il a été admis qu'il représentait la majorité des décès survenus à l'hôpital avec Covid-19, mais apparaissait néanmoins "bien moins létal que le variant Delta". "Les patients atteints par Omicron voient leur risque de décéder après être passé à l'hôpital réduit de plus de la moitié pour tous les statuts vaccinaux et classes d'âge" et ce "quelle que soit la protection vaccinale des patients", indiquait le document. Des conclusions dans la lignée des points épidémiologiques hebdomadaires et des analyses de risque de Santé publique France. Omicron

Moins sévère mais loin d'être bénin

Le Conseil scientifique a néanmoins appelé à ne pas tirer de conclusions hâtives sur la moindre sévérité d'Omicron, dans un avis publié le 19 janvier. Le mutant provoquait alors, selon les experts en charge de conseiller le gouvernement, "une vague sans précédent". Le Conseil scientifique estimait ainsi que "son retentissement sur le système de soins" allait "rester élevé mais en partie gérable, et ce jusqu'à mi-mars". Le 20 janvier, le Premier ministre Jean Castex a également acté la moindre sévérité du variant Omicron par rapport au variant Delta, mais a tempéré : "Je vous le dis clairement, même atténué, ce virus n'a rien d'anodin [...]. Il ne s'agit absolument pas d'une simple grippe. Un seul chiffre pour le démontrer : au cours d'une année normale l'épidémie grippe provoque en moyenne 10 000 hospitalisations sur toute la période de l'hiver. Avec Omicron, nous atteignons ce chiffre non pas en trois mois, mais en cinq jours seulement".

Depuis l'apparition des premiers variants, des scientifiques considèrent qu'un virus plus contagieux mais moins mortel fera malgré tout plus de victimes comme l'a expliqué le journal Le Monde dès janvier 2021, dans un article mis à jour à la mi-décembre. "Nous sommes préoccupés par le fait que les gens considèrent Omicron comme bénin. (...) Même si Omicron provoque des symptômes moins graves, le nombre de cas pourrait une fois de plus submerger les systèmes de santé qui ne sont pas préparés", a alerté le Directeur général de l'OMS dans une communication à la mi-décembre.

Quels sont les symptômes du variant Omicron ?

La moindre sévérité d'Omicron se traduit-elle par des symptômes différents ou moins violents ? L'étude sud-africaine Discovery, publiée mi-décembre et mentionnée plus avant dans cet article, indiquait très tôt que les symptômes d'Omicron comprenaient souvent de la fièvre, de la fatigue, une gorge qui gratte et un malaise général, que l'on retrouve souvent dans le rhume, mais moins de détresse respiratoire. La nouveauté d'Omicron résiderait en revanche dans des suées nocturnes selon certaines autorités sud-africaines. Les bronches seraient enfin plus touchées que les poumons, selon une synthèse de la revue Nature publiée le 6 janvier.

Ces symptômes ont eux aussi été confirmés par une batterie d'études comme l'étude Zoe Covid menée par le système de santé britannique. L'Office for National Statistics (ONS), l'agence britannique des statistiques, a notamment rapporté  mi-janvier que la perte de goût ou d'odorat s'avérait beaucoup moins fréquente parmi les symptômes rapportés avec Omicron qu'avec Delta (environ 6% versus 23% des cas).

La maladie pourrait aussi être plus courte avec Omicron, durant parfois 3 jours selon les premières constatations, entre deux et quatre jours, selon une étude menée en Norvège et publiée sur le site scientifique Eurosurveillance.org en décembre.

En France, Santé publique France a listé, dans son point épidémiologique du 6 janvier, une série de symptômes les plus fréquemment rapportés dans un groupe de 338 patients infectés par Omicron, âgés en moyenne de 32 ans et sans facteurs de risque pour la plupart. Parmi eux, 287 cas s'avéraient symptomatiques et 246 cas ont pu décrire les symptômes les plus courants :

  • 58,94 souffraient d'asthénie (fatigue),
  • 53,66 de toux,
  • 47,97 de fièvre,
  • 43,09 de céphalées (maux de tête),
  • 39,43 de myalgies (douleurs musculaires),
  • 30,49 de mal de gorge,
  • 26,42 d'écoulement nasal,
  • 13,01 de sensation de fièvre,
  • 8,94 d'essoufflement,
  • 8,94 d'anosmie (perte d'odorat),
  • 8,94 d'agueusie (perte de goût),
  • 7,32 de nausées, vomissements,
  • 5,69 de diarrhée,
  • 2,85 de dyspnée (troubles pulmonaires).

Le variant Omicron est-il plus dangereux pour les enfants ?

Les premières séries de données sud-africaines semblaient démontrer que le variant Omicron pouvait se montrer plus sévère avec les enfants, augmentant le risque d'hospitalisation de 20% chez les plus jeunes atteints de Covid. Une piste sujette à caution. "Bien que les données soient préliminaires et basées sur des nombres relativement faibles, nous ne devons pas encore tirer de conclusions définitives sur le risque encouru par les enfants, mais nous devons surveiller de près ce phénomène pour voir s'il y a une augmentation correspondante au Royaume-Uni", commentait alors la London School of Hygiene & Tropical Medicine.

Le niveau des hospitalisations en pédiatrie aux Etats-Unis fin décembre a depuis renforcé l'inquiétude sur la sévérité d'Omicron chez les enfants, mais cette augmentation serait d'avantage liée au faible niveau de vaccination chez les plus jeunes, selon plusieurs articles de presse, notamment dans le New York Times. Une hypothèse qui semble se vérifier un peu partout et notamment en France, où le Covid chez les enfants a bondi dès l'automne dernier.

Existe-t-il un médicament efficace contre Omicron ?

Depuis le début de la pandémie mondiale, la recherche d'un médicament efficace pour traiter les malades du coronavirus est au moins aussi cruciale que la recherche d'un vaccin, mais avance à plus petits pas. Alors que le Molnupiravir de Merck semble avoir du mal à convaincre, Pfizer a assuré le 14 décembre 2021 dans un communiqué que son antiviral Paxlovid (nirmatrelvir/ritonavir), était efficace dans le traitement du Covid, y compris contre Omicron. Administré dans les 3 jours après les symptômes, le médicament réduirait de 89% le risque d'hospitalisation et de décès chez les personnes fragiles. Un taux qui passe à 88% dans les 5 jours.

L'étude du laboratoire a été menée auprès de 2200 participants non-vaccinés particulièrement âgés ou souffrant de comorbidités. Aucun décès n'a été enregistré chez les malades ayant reçu le traitement au Paxlovid alors que 12 décès ont été enregistrés dans le groupe placebo. Concernant Omicron, un test a été réalisé sur "une version artificielle" du variant.

D'abord autorisé aux Etats-Unis juste avant Noël, le Paxlovid a été autorisé en France le 20 janvier par un avis de l'Agence nationale de Sécurité du médicament (ANSM), repris par la Haute Autorité de Santé (HAS). Le traitement est destiné à ce stade aux "adultes atteints de Covid-19 ne nécessitant pas d'oxygénothérapie et à risque élevé d'évolution vers une forme grave de la maladie" et doit être administré "dès que possible après le diagnostic positif à la Covid-19 et au maximum dans les cinq jours suivant l'apparition des symptômes". L'agence européenne du médicament (EMA) a par ailleurs approuvé la commercialisation du médicament le 27 janvier.

Dans quels pays circule le variant Omicron dans le monde ?

Dévoilé le 24 novembre par une équipe de l'institut de recherche de Krisp, le variant B.1.1.529, dit Omicron, présente un nombre "extrêmement élevé" de mutations : pas moins d'une trentaine, contre deux pour le variant Delta. Alors qu'une trentaine de cas présentant le variant Omicron était officiellement détectée dans le monde au lendemain de sa découverte dans moins de dix pays, on en comptait plusieurs milliers à la mi-décembre, dans 77 pays au moins selon l'OMS. Bien plus désormais.

Le variant Omicron se propage "à un rythme que nous n'avons jamais vu avec aucun autre variant", a averti dès la mi-décembre l'Organisation mondiale de la santé (OMS), appelant à utiliser tous les outils anti-Covid pour éviter que les systèmes de santé ne soient rapidement submergés. Les ministres de la Santé des pays du G7 ont aussi fait part de leur inquiétude au sujet d'Omicron au même moment, appelant les Etats à la coopération, le variant étant la "plus grande menace actuelle pour la santé publique mondiale".