Synopsis - Emilie, la fillette de Richard Malinowski (Jean Dujardin), capitaine de la Crim', a été tuée et violée. Malinowski, pourtant habitué aux affaires et aux faits divers les plus difficiles, s'effondre. Ni lui ni sa femme, Claire (Agnès Blanchot), ne parviennent à se relever de cette tragédie. Devant son immense détresse et son désespoir grandissant, ses collègues décident de mener l'enquête. Un homme, Daniel Eckmann (Laurent Lucas), est très vite arrêté, puis condamné. Il est passé aux aveux. Ce criminel présumé, du fond de son trou, écrit au père de la victime et clame maintenant son innocence. Ce dernier refuse de rentrer dans le jeu pervers du lien épistolaire mais ne peut s'empêcher de se questionner. Il réalise que certains éléments de l'enquête demeurent flous. Une contre-enquête solitaire commence alors. Une première piste explorée le conduit vers un autre suspect, un tueur en série... Le réalisateur du film, Franck Mancuso, a été policier pendant plus de vingt ans à la Police Judiciaire. Il a donc été longtemps confronté à des affaires difficiles qui lui ont servi de base pour écrire le scénario de Contre-Enquête. Il a projeté dans cette histoire ce qu'il a redouté le plus lorsqu'il enquêtait sur des homicides d'enfants. Jean Dujardin était le premier choix du réalisateur pour incarner le rôle de Malinowski. Il n'imaginait personne d'autre que lui.

Film d'action